ตามที่กระทรวงศึกษาธิการได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 24 มีนาคม 2552 เรื่อง จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและการจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ในเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนขึ้นในจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส สตูล และสงขลา และให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ 37 อำเภอ ในจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาสทุกอำเภอ และจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอจะนะ นาทวี เทพา และสะบ้าย้อย ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2551 รับทราบผลการประชุมคณะกรรมการเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กพต.) ครั้งที่ 3/2551 เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 2551 ซึ่งมี ฯพณฯ สมชาย วงศ์สวัสดิ์ นายกรัฐมนตรี เป็นประธานในการประชุม ได้มีมติให้มีการจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอเป็นหน่วยงานสังกัดสำนักปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ต่อมาได้ประกาศปรับปรุงให้เป็นหน่วยงานการศึกษาเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2553 โดยสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดเป็นหน่วยงานภายในสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอเป็นหน่วยงานภายในสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด เพื่อพัฒนาการศึกษาของสถานศึกษาเอกชน ในสังกัดให้มีคุณภาพและก่อให้เกิดความสันติสุข

การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดปัตตานี ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 24 มีนาคม 2552 ทางผู้ตรวจราชการกระทรวงศึกษาธิการ (นายประเสริฐ แก้วเพ็ชร) นายธีรเทพ ศรียะพันธ์ ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี นายสุรศักดิ์ อินศรีไกร ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาปัตตานี เขต 1 และนายวิลาศ อุทัยรัตน์ ผู้อำนวยการโรงเรียนเบญจมราชูทิศจังหวัดปัตตานี ได้ประชุมปรึกษาหารือกันแล้ว มีมติให้ใช้อาคารสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดปัตตานี (เดิม) เป็นที่ตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดปัตตานี จึงได้มีการซ่อมแซมปรับปรุงอาคารสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดเป็นที่ตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดปัตตานี ใช้งบประมาณที่ได้รับสนับสนุนจากศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) และจากสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน ทั้งนี้กระทรวงศึกษาธิการได้กำหนดให้จังหวัดปัตตานี เป็นจังหวัดนำร่องในการเปิดสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดเป็นแห่งแรกในวันที่ 10 พฤษภาคม 2552